第二集中(zhōng )，尼奥(💠)（基(⛳)努·里维斯(🕐) Keanu Reeves 饰）没(méi )有能从(👊)内(🛎)部摧毁(huǐ )“母体”，他的身体在(👪)真实世界的飞(fēi )船(chuán )上陷(📟)于昏迷，思想却(què )被困在介于(yú )“母体”和真(🔤)实世界的中间(jiān )地带，这个地方(fāng )由(yóu )“火(📐)车(🔎)人”控制。墨(mò )菲(fēi )斯（劳伦斯(sī )·菲(fēi )什伯(🚽)恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等(děng )人知道了(le )尼(ní )奥的情况，在守(shǒu )护天使的带(dài )领下， 找到了“火(huǒ )车人”的(de )(🕌)控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥(🖥)救了出来(👧)。此(🕝)时(🧚)，电(diàn )子乌贼(zéi )部队对锡安(ān )发起了(le )猛(🕳)烈的攻(gōng )(🐁)击，人(rén )类组织所(🗻)有机(jī )甲战士(shì )展(zhǎn )开(kāi )顽强(qiáng )的抵(😜)抗，形势危(🤼)在(💦)旦(dàn )夕；尼奥和崔(cuī )妮蒂驾(jià )驶了一艘(sōu )(🚇)飞船(🤥)克(📘)服(⏭)重(🐺)重困(🤨)难，到(💽)达机器(🍶)城(👕)市，尼奥终(📂)于见到了机器世(👄)界的统治者(📓)“机器大(📏)帝(🤥)”，双方谈(🥤)判并(bìng )达成(chéng )了协(xié )议(🙈)：尼(ní )奥除掉不受“母(mǔ )体”控(🔀)制(zhì )(🥗)的史(🔨)密(mì )斯，以换(🕰)取锡安的和(hé )平。在“母体(🏳)”中(zhōng )，尼奥和史密斯展开(kāi )了关系人类(lèi )生死存亡的最后(💳)决(jué )斗。